O Comité Nacional é um órgão deliberativo, que integra os representantes de algumas instituições públicas de Cabo Verde e das Nações Unidas. Este órgão é composto por:

- Entidade Reguladora e Independente da Saúde (ERIS), que preside;
- Gabinete para Assuntos Farmacêuticos (GAF);
- Programa Alargado de Vacinação (PAV);
- Representante da Organização Mundial da Saúde (OMS);
- Representante do UNFPA, UNICEF e PNUD.

Tendo em conta a introdução de vacinas contra a COVID-19 em Cabo Verde, a sua monitorização será uma responsabilidade compartilhada e articulada entre as partes interessadas, pautando-se pela implementação das orientações técnicas da OMS, bem como dos parceiros responsáveis pela vacinação contra a COVID-19, pelo que será assegurada através de uma estrutura de colaboração interinstitucional criada conforme a Resolução nº 18/2021, de 18 de fevereiro.
 
Assim, a vigilância das vacinas no âmbito da pandemia da COVID-19 compreende o funcionamento articulado em três níveis de coordenação:
- Nacional - Comité Nacional de Gestão das MAPI
- Subnacional - Comité Subnacional MAPI
- Operacional/investigativo - Equipa Técnica Nacional de Investigação